Hallo Stefanie,
ich denke, zu diesem Thema kann ich auch was beitragen, da wir mit unserer Tochter zu unterschiedlichen Jahreszeiten bereits 6 mal in Thailand waren, ab dem Alter von 1 1/2 Jahren!
Gleich mal vorneweg - wir hatten nie größere gesundheitliche Probleme, nicht mal, als wir 9 Wochen mit Rucksack mit ihr dort unterwegs waren- da war sie 2 1/2 Jahre! Hat alles angefasst, in den Mund genommen, etc, wie bei Kleinkindern eben üblich.
Es scheint ihr nicht geschadet zu haben 
Auto fahren in Thailand ist tatsächlich recht easy, allerdings würde ich persönlich ( !) nie, niemals in Bangkok selbst fahren.
Schon gar nicht mit Kindern im Auto.
Muß jeder selber wissen, aber ich würde mir das nicht geben!
Ansonsten haben wir alle möglichen Touren in Thailand als Selbstfahrer unbeschadet überstanden 
Allerdings ist es ja so, dass man mit KIndern auch etwas anders Urlaub macht.
Und da würde ich euch empfehlen, auch mit dem Zug zu fahren, in den Süden gerne mit dem Nachtzug.
Es ist ein Abenteuer für die Kids, mal was ganz anderes und spannend!
Auch bekommen die Kids ganz sicher viele Kontakte im Zug , die Thais sind extrem kinderlieb und werden sie beiden sicherlich verwöhnen!
Wir waren auch schon in den Sommerferien dort unterwegs und hatten einen unserer tollsten Urlaube, obwohl wir sogar im Norden waren.
Wir hatten Glück, es hat fast nur nachts geregnet , der Norden war grün und nicht vertrocknet und es war fast leer, da kaum Touristen unterwegs waren.
Man sollte halt flexibel bleiben und immer nur vor Ort buchen, da man dann, entsprechend der Wetterlage auch die Seiten switchen kann.
Ansonsten ist der Sommer für die Ostseite eigentlich gut geeignet, an Weihnachten würde ich z. Bsp nicht nach Samui wollen, denn dann regnet es dort viel und es gab schon öfters massive Überschwemmungen .
Was das schnorcheln betrifft halte ich Thailand auf alle Fälle besser für Kids geeignet, als Bali.
Dort gibt es weniger " sichere" Strände, wenn es auch mehr zu schauen gäbe.
Du hast recht, auf Phangan hat die Westküste um Thong Sala bei Ebbe sehr weit kaum Wasser .
Man muss ewig laufen, um sich ein bisschen abkühlen zu können.
Ein extrem toller " Kinderstrand " war Hat Yao Beach, im südlicheren Westen.
Dort hat es mehr Wasser, aber ein vorgelagertes Riff, so dass es ziemlich sicher ist.
Weiter oben waren die Strände dann nicht mehr so schön.
Die Ostseite ist schwieriger zu erreichen, aber dort warten ebenfalls Traumstrände.
Allerdings sollte man dort dann ein paar Tage bleiben.
Ausflüge von dort sind nicht wirklich prickelnd, da man bei extrem schlechten Straßenverhältnissen quer über die Insel müsste.
Ich hoffe, ich konnte ein bisschen helfen
Liebe Grüße
Beate